Wiosną 2020 r. firma przyznała, że utraciła kontrolę nad swoimi środkami finansowymi. Jej dyrektor generalny, Marcus Braun, złożył rezygnację i został aresztowany pod zarzutem oszustwa i manipulacji na rynku. Dyrektor operacyjny Wirecard - Jan Marsalek - został zwolniony w czerwcu, następnie zniknął. Obecnie jest poszukiwany przez Interpol.

Skandal ten wstrząsnął niemiecką polityką - pojawiły się zarzuty, że ani BaFin (niemiecki organ nadzoru finansowego), ani rząd nie przeprowadzili odpowiednich kontroli Wirecard. Powstała parlamentarna komisja śledcza, której zadaniem jest ustalenie, w jaki sposób bezprecedensowe oszustwo firmy notowanej na indeksie DAX mogło pozostać niewykryte przez lata i dlaczego władze nie interweniowały. Przesłuchiwany przez komisję ówczesny minister finansów a obecny kanclerz Olaf Scholz, mimo, że był szefem BaFin, stwierdził, że nie uważa się za odpowiedzialnego za aferę Wirecard.

Na szczególną uwagę w tej sprawie zasługuje były dyrektor operacyjny Wirecard, obecnie poszukiwany przez Interpol - Jan Marsalek, a zwłaszcza jego powiązania z Rosją. Według informacji uzyskanych przez Dossier Center i Süddeutsche Zeitung, Jan Marsalek, obywatel Austrii, miał kontakty z rosyjskimi PMC (ang. Private Military Company) na Bliskim Wschodzie i w Afryce, a także ze służbami wywiadowczymi kilku krajów, w tym Rosji. Do pracy na rzecz GRU został zwerbowany ok. roku 2000, za pośrednictwem Austriacko-Rosyjskiego Towarzystwa Przyjaźni. W roku 2000 Marsalek rozpoczął pracę dla Wirecard. W tym czasie poznał Rosjanina Andrieja Czuprygina - według oficjalnej biografii arabistę, tłumacza pracującego dla wojska i starszego wykładowcę w Szkole Orientalistycznej Wyższej Szkoły Ekonomicznej w Moskwie, natomiast według informacji prasowych, także pułkownika GRU. Według publikacji Bellingcat, The Insider i Der Spiegel, po mianowaniu Marsalka dyrektorem operacyjnym Wirecard, w 2010 r., rozpoczął on regularne loty do Rosji, a wyjazdy zwykle trwały nie dłużej niż jeden dzień (w sumie odbył 60 takich podróży). Ponadto dziennikarskie śledztwa wykazały, że podczas podróży do Rosji Marsalek miał posługiwać się sześcioma  paszportami. Rosyjski portal informacyjny The Insider sugerował, że Marsalek zajmował się obsługą finansową dla objętych sankcjami biznesmenów, polityków i przyjaciół Władimira Putina. W 2016 roku wynajął luksusową czteropiętrową willę w centrum Monachium (za 680 tysięcy euro rocznie), położoną naprzeciwko Konsulatu Generalnego Rosji. Spotykał się tam z byłym szefem wywiadu libijskiego Ramimem al-Obeidim (który także miał być udziałowcem Wirecard). Gdy Marsalek dowiedział się, że Financial Times przygotowuje publikację w sprawie Wirecard, Rami al-Obeidi zorganizował inwigilację dziennikarzy, zatrudniając do tego londyńską firmę ochroniarską kierowaną przez byłego agenta MI5. W lipcu 2019 r. al-Obeidi przekazał nagrania audio niemieckim mediom, rzekomo dowodząc zmowy między publikacją a osobami mającymi manipulować cenami akcjami firmy (grającymi na spadek cen tych akcji). W efekcie artykuł o Wirecard ukazał się w "Financial Times" z trzymiesięcznym opóźnieniem. Marsalek nieustannie szukał i umacniał kontakty w świecie służb specjalnych. Według zeznań znajomych, które wyciekły do prasy, Marsalek chwalił się, że ma dostęp do tajnych informacji austriackich służb specjalnych, a także twierdził, że zna formułę trucizny Novichok.

Według The Insider, Bellingcat i Der Spiegel, od 2015 roku Jan Marsalek tworzył prywatne firmy wojskowe w Libii. Również w 2015 zainwestował w jedną z największych firm cementowych - Libyan Cement Company (LCC). Rok później rosyjska PMC RSB - Group otrzymała kontrakt o wartości 10 milionów dolarów na rozminowanie w Libii cementowni w Benghazi. Pośrednikiem w transakcji pomiędzy LCC a PMC RSB-Group był Stanislav Petlinsky, posiadający obywatelstwo rosyjskie i izraelskie. W latach 2005-2013 Petlinsky pracował w Departamencie Zarządzania Nieruchomościami Prezydenta Rosji, gdzie miał pełnić funkcję konsultanta. W latach 200702014 pracował jako zastępca dyrektora generalnego Portu Lotniczego Wnukowo. Petlinsky założył kilka firm, w tym prywatną szkołę Cambridge International School, Atlant-Group LLC oraz Security Technologies LLC (współzałożycielem tej ostatniej Iskander Galiew, założyciel Związku Weteranów Wojny w Afganistanie). W marcu 2019 r. zmienił nazwisko, obecnie posługuje się paszportem na nazwisko Boris Nikolaevich Green (portal internetowy Radia Swoboda zwrócił uwagę, że paszport wydał mu ten sam wydział Federalnej Służby Migracyjnej, który dostarczył sfałszowane dokumenty rosyjskim oficerom wywiadu Anatolijowi Czepidze i Aleksandrowi Miszkinowi, oficerom GRU, którzy otruli nowiczokiem Siergieja Skripala i jego córkę).

W 2017 roku Jan Marsalek na zaproszenie rosyjskiego wojska odwiedził syryjską Palmyrę. Wizytę tę zorganizował Stanisław Petlinsky. Marsalek utrzymywał też relacje z wieloma urzędnikami, politykami oraz oficerami wywiadu. Zażyłe relację łączyły go z Martinem Weissem, funkcjonariuszem Federalnego Urzędu Ochrony Konstytucji i Walki z Terroryzmem (Bundesamt für Verfassungsschutz und Terrorbekämpfung BVT) w Austrii, który został oskarżony przez wiedeńską prokuraturę o pomoc w ucieczce Marsalka. W trakcie prowadzonego śledztwa zeznał  on, że Marsalek, poprzez komunikatory Signal i Treema wielokrotnie kontaktował się z nim od czasu ucieczki i wypytywał o stan śledztwa.

Zorganizowanie ucieczki Martin Weiss zlecił swojemu znajomemu Thomasowi Schellenbacherowi, który w latach 2013-2017 zasiadał w parlamencie austriackim z ramienia FPÖ (warto wspomnieć, że - jak twierdzą autorzy śledztwa Süddeutche Zeitung i Der Standard - Schellenbacher znalazł się na liście kandydatów Partii Wolności na tzw. wybieralnym miejscu, po tym, jak grupa ukraińskich inwestorów w Austrii "podarowała" tej partii 10 mln euro w gotówce). Według ustaleń prowadzonego później śledztwa Marsalek został dowieziony 9 czerwca 2020 r. przez byłego oficera BVT, Egisto Otta na prywatne lotnisko w Bad Vöslau pod Wiedniem, skąd wyczarterowanym samolotem odleciał do Mińska. W trakcie zgłoszonego lotu posługiwał się paszportem dyplomatycznym karaibskiego państwa Grenada wystawionym na nazwisko Marsalek. Natomiast oficjalnie granice Białorusi przekroczył już jako obywatel Austrii Maks Mauer. Według ustaleń poczynionych przez Süddeutsche Zeitung i Dossier Center numer paszportu wystawionego na nazwisko Mauer nie został nigdy zarejestrowany w Austrii i został dostarczony mu przez rosyjskie służby.

Na wszystkie niemieckie pytania o miejsce pobytu Marsalka władze rosyjskie łącznie z ministrem Ławrowem odpowiadały, że na ich terytorium nie przebywa żaden obywatel austriacki pod tym nazwiskiem.

Obecnie Marsalek nie posługuje już nazwiskiem Maks Mauer. Ponownie zmienił swoją tożsamość i przedstawia się jako German Bazhenov (urodzony w Monachium obywatel Niemiec). 10 czerwca 2021 roku na to nazwisko przyznano mu obywatelstwo rosyjskie wraz z wewnętrznym paszportem (ros. dowód osobisty). Marsalek przebywa obecnie w Moskwie pod ochroną Departamentu Wewnętrznego FSB i mieszka na strzeżonym osiedlu "Ogrody Majendorfu" na dawnym terytorium sanatorium "Barwik". Mieszka tam również rodzina prezydenta Azerbejdżanu Ilhama Alijewa oraz rosyjscy oligarchowie, a w niewielkiej odległości od tej miejscowości znajdują się rezydencje Władimira Putina i wiceprzewodniczącego Rady Bezpieczeństwa Rosji Dmitrija Miedwiediewa.

Według opinii przedstawianej na stronach The Cipher Brief (amerykańska platforma cyfrowa publikująca materiały z zakresu bezpieczeństwa narodowego) przez Sonyi  Seunghye Lim (24 lata służby w Dyrekcji Operacyjnej CIA w Europie, Azji i na Bliskim Wschodzie, w tym dwukrotnie jako szef stacji), sprawa Wirecard pokazuje modus operandi rosyjskich służb wywiadowczych - od rekrutacji aktywów (Marsalek) po planowanie tajnych spotkań, rozbudowę dobrze ulokowanej sieci kontaktów, dokooptowanie świadomych lub nieświadomych polityków oraz wykorzystywanie istniejących podziałów politycznych. Jej zdaniem afera Wirecard była nie tylko przestępstwem finansowym, ale także starannie zaaranżowaną operacją wywiadowczą. Według niej Rosja z pewnością uważnie obserwowała, jak zainteresowane państwa zareagują na tę zakończoną sukcesem operację wywiadowczą i odpowiednio zaplanowały swoje przyszłe działania.

Zastanawiające jest w tym wszystkim zachowanie niemieckich służb, które Janem Marsalkiem zainteresowały się dopiero w 2020 roku, po tym jak Financial Times opublikował artykuł na jego temat, a rząd Angeli Merkel posiadał wiedzę o pobycie Marsalka w Moskwie. Według niemieckiej prasy, w styczniu 2021 roku pewien "biznesmen bliski władzom Rosji i FSB" zaproponował BND zorganizowanie spotkania i rozmowę z Marsalkiem. Przedstawiciele niemieckich służb rzekomo odmówili, twierdząc że może być to być "pułapką" strony rosyjskiej, i zostać zinterpretowane jako dowód powiązań między BND a zarządem Wirecard. Wywiad niemiecki, jak pisał np. tygodnik Der Spiegel, rzekomo równocześnie niezależnie od tego miał informować o sprawie Bundestag i prokuraturę.

Z tej racji nasuwa się pytanie, jaką wiedzą mogą dysponować rosyjskie służby, a uzyskaną od Marsalka na temat Wirecard, m.in. odnośnie potencjalnego udziału w w tej sprawie niemieckich polityków i czy jest ona obecnie wykorzystywana w kontekście polityki Niemiec wobec rosyjskiej agresji na Ukrainie.