Jak podaje Państwowa Służba Bezpieczeństwa Azerbejdżanu, Vardanyanowi postawiono zarzuty finansowania terroryzmu (zagrożone karą do 14 lat więzienia), tworzenia nielegalnych formacji i grup zbrojnych skutkujące śmiercią ludzi (kara dożywotniego więzienia) i przekraczania granicy poza punktem kontrolnym (zagrożone karą do dwóch lat więzienia).

Pranie pieniędzy i Troika Dialog

Ruben Vardanyan jest byłym szefem firmy inwestycyjnej Troika Dialog i pierwszym prezesem moskiewskiej szkoły zarządzania Skołkowo. Znany jest przede wszystkim z organizacji jednego z największych systemów prania brudnych pieniędzy "Troika Laundromat", w ramach którego przez sieć 75 firm, w latach 2006 – 2013, zalegalizowano w zależności od źródeł) od 4,5 do 9 miliardów dolarów. Wspomnianych 75 firm zostało zarejestrowanych na podstawione osoby (tzw. słupy). Większość z nich to byli ormiańscy robotnicy sezonowi, pracujący w Moskwie. Podmioty te zakładały pierwsze rachunki w banku inwestycyjnym Troika Dialog, od którego nazwę wziął cały system. Troika wykorzystała litewski Ukio Bankas (przejęty później, w 2013 roku, przez litewski Bank Narodowy za angażowanie się w ryzykowne transakcje i nieprzestrzeganie poleceń organów regulacyjnych), w którym założono 35 rachunków. Wśród uczestników transakcji związanych z praniem pieniędzy, którzy prawdopodobnie mieli, a przynajmniej powinni mieć świadomość, że środki przechodzące przez ich konta winny budzić podejrzenia co do legalności ich pochodzenia, były duże banki europejskie. Mowa m.in. o takich podmiotach jak Deutsche Bank, Danske Bank Estonia, Swedbank z siedzibą w Szwecji, Raiffeisen Bank International (RBI) z siedzibą w Austrii, Nordea Bank z siedzibą w Finlandii, ING Group z siedzibą w Amsterdamie, Grupa KBC z siedzibą w Belgii czy Crédit Agricole Group. System "Troika Laundromat" służył nie tylko praniu brudnych pieniędzy zorganizowanych grup przestępczych i oszustów. Pozwalał on także rosyjskim oligarchom i politykom potajemnie nabywać udziały w przedsiębiorstwach państwowych, kupować nieruchomości (zarówno w Rosji, jak i za jej granicami - w Wielkiej Brytanii, Hiszpanii i Czarnogórze), wynajmować gwiazdy muzyki na prywatne imprezy, opłacać czesne w prestiżowych zachodnich szkołach dla swoich dzieci, opłacać rachunki medyczne, nabywać luksusowe towary (np. jachty) itd. Jak ujawniła międzynarodowa organizacja dziennikarska i medialna OCCRP (The Organized Crime and Corruption Reporting Project), co najmniej 69 milionów dolarów trafiło do firm powiązanych z Siergiejem Rolduginem, rosyjskim wiolonczelistą i jednym z najlepszych przyjaciół Władimira Putina. Część pieniędzy, które firmy Roldugina otrzymały, pochodziła z rosyjskiego oszustwa podatkowego ujawnionego przez Siergieja Magnitskiego. Firmy zaangażowane w ten proceder wytransferowały ponad 130 milionów dolarów przez "Troika Laundromat". Jak pisał The Guardian (w marcu 2019 roku) w latach 2009, 2010 i 2011 trzy przelewy od Vardanyana na łączną kwotę 200 000 dolarów trafiły również do fundacji Prince's Charities Foundation - organizacji zbierającej fundusze na rzecz księcia Karola. Pieniądze pochodziły od spółki fasadowej z Brytyjskich Wysp Dziewiczych Quantus Division Ltd.

W marcu 2019 roku ponad dwudziestu posłów do Parlamentu Europejskiego pisało w zapytaniu skierowanym do ówczesnego przewodniczącego Komisji Europejskiej Jeana-Claude'a Junckera o operacji prania pieniędzy na dużą skalę: "Wzywamy Komisję, aby natychmiast postawiła przed sądem osoby powiązane ze sprawą prania brudnych pieniędzy z banku inwestycyjnego Troika Dialog. Wzywamy Państwa do zapewnienia podjęcia wszelkich niezbędnych środków, aby zapewnić, że będą one objęte sankcjami UE". Sprawa dotyczyła właśnie działalności Vardanyana i jego wspólnika, rosyjskiego bankiera Władimira Romanowa, właściciela łotewskiego banku Ukio Banka. Inicjatywa została jednak zignorowana.

Vardanyan w Rosji znany też był z korupcyjnego skandalu związanego z przekazaniem przez niego na rzecz rodziny prezydenta Tatarstanu Rustama Minnikhanova prawie 40 milionów dolarów. Był on też blisko związany z Aslanem Usoyanem (jednym z najbardziej znanych "worów w zakonie) - etnicznym Kurdem, który został zamordowany w styczniu 2013 roku. Za organizatora zamachu uważany jest Tariel Oniani, szef gruzińskiego syndykatu przestępczego "Kutaisi", a głównym powodem miały być porachunki związane z organizacją olimpiady w Soczi. Usoyan w przeszłości (na początku lat 90-tych) pomagał Vardanyanowi organizować spotkania z szefami rosyjskojęzycznych organizacji przestępczych, co odegrało dla kluczową rolę w uprawianym przez niego procederze prania brudnych pieniędzy. Pośrednikiem w tych kontaktach był Siergiej Lalakin (Łuczok) szef zorganizowanej grupy przestępczej "Podolskaya". Jak pisze rosyjski portal śledczy Rucruminal.info, to Vardanyan umożliwić miał też nawiązanie kontaktów biznesowych Michaiłowi Miszustinowi (obecny premier Rosji) oraz Igorowi Jusufowi (były minister energetyki FR) z kaukaskimi organizacjami przestępczymi działającymi na terenie Rosji. 

Rajat Gupta (członek rady nadzorczej Jukosu w latach 2000–2004 i Sbierbanku Rosji do 2011 roku) i Vardanyan byli też oskarżani przez służby USA o organizację międzynarodowego, fałszywego programu handlu papierami wartościowymi. Departament Sprawiedliwości USA oszacował zysk autorów przedsięwzięcia na 20 mln dolarów, a Amerykańska Komisja Papierów Wartościowych i Giełd na 25 mln dolarów.

Bez paszportu, ale z rosyjskim poparciem

Warto przypomnieć, że do 2022 roku Vardanyan posiadał rosyjskie obywatelstwo, którego zrzekł się we wrześniu 2022 roku, na krótko przed powołaniem na stanowisko ministra stanu (szefa rządu) Górskiego Karabachu. W grudniu 2022 roku Władimir Putin wydał dekret zatwierdzający wniosek Vardanyana o zrzeczenie się obywatelstwa. Sekretarz prasowy Putina oświadczył jednak 27 września 2023 roku, że "jeśli Vardanyan jest obywatelem rosyjskim, to Rosja jest gotowa chronić jego prawa, ale jeśli rzeczywiście odmówił wydania rosyjskiego paszportu, »to inna sprawa«". Także Aleksander Baszkin, członek Komisji Rady Federacji ds. Ustawodawstwa Konstytucyjnego i Budownictwa Państwowego, stwierdził 28 września 2023 roku, że zrzeczenie się przez Vardanyana obywatelstwa rosyjskiego uniemożliwiło jakiekolwiek wsparcie ze strony Rosji. To stanowisko jest co najmniej zaskakujące zważywszy, że swego czasu Vardanyan był w zażyłych relacjach z Putinem.

W listopadzie 2021 roku, jak podawał portal ccbs.news, Vardanyan udzielił wywiadu, w którym mówił o planach rozpoczęcia kariery politycznej w Armenii, a nawet rozważał możliwość zostania jej prezydentem. We wrześniu 2022 roku oświadczył, że przeprowadza się do nieuznawanej Republiki Artsakh (Górskiego Karabachu). Dwa miesiące później został mianowany - przez Arayika Harutyunyana prezydenta Artsakh - ministrem stanu z "szerokimi uprawnieniami". Nominacja ta nie byłaby oczywiście możliwa bez zgody Rosji. Ruben Vardanyan od chwili objęcia stanowiska zerwał kruche powiązania współpracy lokalnej administracji z władzami Azerbejdżanu. Zrzeczenie się przez niego obywatelstwa rosyjskiego wynikało w dużej mierze z chęci nie znalezienia się na liście sankcyjnej Unii Europejskiej i USA.