Bondaryk sprawował funkcję dyrektora Narodowego Centrum Kryptologii od 2013 roku. Przed jej objęciem pełnił stanowisko doradcy szefa resortu obrony do spraw bezpieczeństwa cybernetycznego oraz pełnomocnika do spraw tworzenia NCK. W latach 2008-2013 sprawował funkcję szefa Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego. 

Narodowe Centrum Kryptologii zostało powołane 1 czerwca 2013 roku i podlega Ministrowi Obrony Narodowej. Zgodnie ze statutem do jego zadań należy m.in.: prowadzenie badań, projektowanie, budowa, wdrażanie, użytkowanie oraz ochrona narodowych technologii kryptologicznych, wytwarzanie nowych produktów dla państwa przez zespolenie potencjału naukowo-przemysłowego w obszarze zaawansowanych technologii informatycznych, budowa kompetencji w zakresie tworzenia rozwiązań służących do ochrony i zabezpieczenia informacji oraz prowadzenie działań (w zakresie zleconym za pośrednictwem szefa MON) na rzecz innych organów administracji publicznej. 

Według nieoficjalnych informacji dymisja Bondaryka została przyjęta przez ministra obrony narodowej. 

Z informacji kuluarowych wynika, że już od dłuższego czasu gen Krzysztof Bondaryk nie potrafił znaleźć wspólnego języka z ministrem Tomaszem Siemoniakiem. Tłem nieporozumień miały być nie tylko kwestie finansowe związane z NCK, ale także wizja dalszego funkcjonowania i rozwoju centrum kryptologii.  

Plany Krzysztofa Bondaryka można określić w tym kontekście jako nadzwyczaj ambitne, wykraczające dalece poza obecne możliwości MON – mówi nam osoba znająca kulisy sprawy. Wyglądało to trochę tak, jakby Bondaryk wymyślił sobie plan na zbudowanie w niedalekiej przyszłości kolejnej służby specjalnej na bazie Centrum.  

O to, co dalej z NCK będziemy wkrótce pytać ministra Tomasza Siemoniaka.  

MS