Szef Policji został zastrzelony ok. godziny 22.00, 25 czerwca 1998 roku pod swoim domem przy ulicy Rzymowskiego 17 w Warszawie. Chwilę wcześniej Papała podjechał na parking, wracał z Dworca Centralnego skąd miał odebrać swoją matkę. Pociąg się jednak spóźniał, więc najprawdopodobniej postanowił zaczekać w domu. Wcześniej Papała był w domu generała Józefa Sasina, byłego funkcjonariusza Służby Bezpieczeństwa. Tam szef Policji spotkał się z Edwardem Mazurem, z którym miał rozmawiać o wyjeździe do USA. To właśnie wątek Edwarda Mazura jako zleceniodawcy zabójstwa Papały, był jednym z tych jakie pod uwagę brali śledczy. Jednak wersji zdarzeń jakie rozpatrywali policjanci i prokuratura było więcej. Zgodnie z jedną z nich, za zabójstwo gen. Papały odpowiedzialni mieli być Ryszard Bogucki, skazany wcześniej za zabójstwo Andrzeja Kolikowskiego ps. „Pershing”, a także Andrzej Zieliński ps. „Słowik”. Zgodnie z inną wersją, jaką przedstawiła w 2012 roku Prokuratura Okręgowa w Łodzi, śmierć Papały była wynikiem przypadkowego strzału jaki oddał złodziej samochodów Igor Ł. ps. Patyk. Jak przekonywała wtedy prokuratura, motywem miała być kradzież samochodu Deawoo Espero należącego do generała. 

20 lat po tragicznych zdarzeniach, na cmentarzu w Pruchniku, uczczono pamięć  byłego szefa Polskiej Policji. W imieniu Komendanta Głównego Policji wieniec złożył jego Zastępca nadinsp. Jan Lach. Wśród składających kwiaty był też ppłk SG Andrzej SG Andrzej Papała – brat zmarłego szefa Policji oraz żona byłego Komendanta Głównego Policji, jego ojciec i siostra. 

Mimo kilku prowadzonych śledztw, spraw sądowych i postawionych zarzutów do dziś motywy zabójstwa generała Papały nie są znane.

DM