Uroczyste pożegnanie z mundurem gen. Pawła Nasiłowskiego odbyło się w Zakładzie Karnym w Siedlcach – miejscu, w którym w 1988 roku rozpoczął służbę jako młodszy wychowawca. Gen. Nasiłowski w Zakładzie Karnym w Siedlcach był też zastępcą dyrektora, odpowiadając za działalność kulturalno-oświatową, wychowawczą oraz współpracę międzynarodową. Stworzył tam dom kultury dla skazanych.

W latach 1998–2002 Nasiłowski pełnił funkcję przedstawiciela ministra sprawiedliwości w Radzie Głównej ds. Społecznej Readaptacji i Pomocy Skazanym, odpowiadając m.in. za kary alternatywne. W lipcu 2006 roku został zastępcą szefa Centralny Zarząd Służby Więziennej. 11 listopada 2007 roku został awansowany na generała. W kwietniu 2008 roku został odwołany ze stanowiska.

W marcu 2009 roku powołano go na stanowisko dyrektora generalnego Służby Więziennej. Zastąpił Jacka Pomiankiewicza, odwołanego decyzją ówczesnego premiera Donalda Tuska po samobójstwie Roberta Pazika – jednego z zabójców Krzysztofa Olewnika. 18 listopada 2009 roku został odwołany z tej funkcji. Następnie objął stanowisko pełnomocnika ministra sprawiedliwości oraz dyrektora Biura Dozoru Elektronicznego w Centralnym Zarządzie Służby Więziennej.

„Ostatnie lata służby poświęcił rozwojowi kar nieizolacyjnych jako pełnomocnik ministra sprawiedliwości ds. wdrożenia dozoru elektronicznego, stając się jednym z prekursorów tych rozwiązań w polskim systemie penitencjarnym” – poinformowała Służba Więzienna.

Odejście na emeryturę gen. Pawła Nasiłowskiego oznacza, że obecnie w Służbie Więziennej nie ma ani jednego oficera, który pełniłby służbę w stopniu generała.