Pod koniec stycznia dotychczasowy szef Biura Ochrony Rządu gen. bryg. Andrzej Pawlikowski został odwołany, po tym gdy poprosił o zwolnienie z służby i przejście emeryturę "ze względu na stan zdrowia". Przez blisko trzy miesiące p.o. szefa Biura był wiceszef BOR płk Tomasz Kędzierski. 

Przedstawiając Miłkowskiego na konferencji prasowej, premier poinformowała, że rząd chce stworzyć w miejsce BOR służbę skuteczną i profesjonalną. "Chcemy, aby to była służba, w której będą pracowali dobrze wynagradzani, wyposażeni, wyszkoleni funkcjonariusze, która będzie pełniła ochronę najróżniejszych osób w państwie, budynków rządowych" - powiedziała Szydło. 

"Jesteśmy zdeterminowani do tego, aby te zmiany wprowadzić, nie boimy się tego. Myślę, że czas w Polsce skończyć z pewną hipokryzją, ponieważ do tej pory żaden rząd nie odważył się, a na pewno nie robili tego nasi poprzednicy, ażeby wprowadzić zmiany, unowocześnić BOR. My się tego nie boimy" - dodała.

Towarzyszący premier szef MSWiA Mariusz Błaszczak wyraził nadzieję, że ustawa powołująca nową formację w miejsce BOR zostanie przyjęta przez parlament jeszcze przed wakacjami. Projekt ustawy o Państwowej Służbie Ochrony od końca marca jest w konsultacjach wewnątrzresortowych. Zmiany mają poprawić bezpieczeństwo ochranianych osób i obiektów.

Szef MSWiA ocenił, że nadinsp. Miłkowski ma odpowiednie doświadczenie i widzę, by stworzyć podstawy organizacyjne nowej formacji, która zastąpi BOR.

Nadinsp. Miłkowski powiedział, że w BOR potrzebne zmiany. Zapewnił jednocześnie, że ludzie, którzy służą w formacji, nie mają powodów do obaw. "To jest czas na dokonanie pewnych zmian, korekt i przebudowy tej formacji. Ale ludzie, którzy w niej służą - jestem tego pewien i przekonany - nie mają powodów do obaw. To jest formacja, która musi być przebudowana, to prawda. Natomiast będziemy szukali nowych formuł, korekt pewnych dotychczasowych działań" - zapowiedział.

Dodał, że największym jego sukcesem byłoby to, gdyby za jakiś czas ani jego osoba, ani funkcjonariusze, którymi od jutra formalnie będzie kierować, "nie pojawiali się w reportażach, audycjach". "Oczywiście rozumiem, że to może być trudne, bo ostatni czas powoduje dosyć duże zainteresowanie BOR. Natomiast chciałbym przede wszystkim powiedzieć, że zadania stojące przed tą formacją są niezmienne" - podkreślił.

Tomasz Miłkowski jest doktorem nauk prawnych. Służbę w policji rozpoczął w 1991 r., pełniąc ją początkowo w pionie prewencji w Rudzie Śląskiej. Po ukończeniu w 1995 r. Wyższej Szkoły Policji w Szczytnie, kontynuował służbę w pionie dochodzeniowo-śledczym Komendy Rejonowej Policji w Rudzie Śląskiej, a następnie w Wydziale do Walki z Przestępczością Gospodarczą Komendy Wojewódzkiej Policji w Katowicach. 

Od 2000 r. związany był ze Szkołą Policji w Katowicach, pełniąc tam funkcje kierownicze zarówno w komórkach logistycznych, jak i dydaktycznych m.in. jako kierownik Zakładu Prawa i Psychologii.

W 2010 r. został powołany na stanowisko Zastępcy Komendanta Szkoły Policji w Katowicach, a w czerwcu 2014 r. objął stanowisko Zastępcy Komendanta Wojewódzkiego Policji we Wrocławiu. 1 lutego 2016 r. został Komendantem Wojewódzkim Policji w Krakowie. We wrześniu 2016 r. odebrał awans na stopień nadinspektora policji. 

Jako szef małopolskiej policji brał udział w zabezpieczeniu Światowych Dni Młodzieży. Odznaczony m.in. Medalem Srebrnym "Za długoletnią służbę", Złotą Odznaką "Zasłużony Policjant", Brązowym Medalem "Za zasługi dla Policji".