Andrzej Pawlikowski rozpoczął służbę w Biurze Ochrony Rządu w 1995 roku. W latach 2006–2007 sprawował stanowisko szefa tej służby. Jest absolwentem Politechniki Krakowskiej oraz Akademii Obrony Narodowej. Od 10 stycznia 2009 do 10 października 2010 był szefem pionu szkolenia w Centralnym Biurze Antykorupcyjnym. 

Według informacji przekazanej przez Biuro Ochrony Rządu, nowy szef tej służby stawia sobie za główne cele gruntowne usprawnienie procesów funkcjonujących w formacji oraz szeroko zakrojone prace nad zwiększeniem efektywności realizowanych zadań ustawowych. W związku z powyższym jednym z najistotniejszych kierunków rozwoju Biura pod kierownictwem płk. Andrzeja Pawlikowskiego będzie, między innymi, projekt rozszerzenia uprawnień funkcjonariuszy BOR. Poprzednio stanowisko szefa Biura pełnił gen. bryg. Krzysztof Klimek.

Od 24 września br. Andrzej Pawlikowski pełni funkcję społecznego doradcy prezydenta Andrzeja Dudy.